从人类的思想和感情诞生的「e-脉冲」，被作为AI辅助装置「辅助蛋」的能量源被运用。在社会获得显著发展的背后，恐怖的怪物出现了。吞食e-脉冲进化的生命体「数码兽」。

2010年，曾经的小学生们已经步入大学，太一、阿和等人步上不同的人生道路（八神太一和石田大和将会成长为22岁），而就在此时，数码宝贝的研究者メノア(松冈茉优 配音)却告诉他们：“被选召的孩子们”长大成